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wiki:guida_di_utilizzo

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scopeadmin
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 == Architettura del nodo di archiviazione == == Architettura del nodo di archiviazione ==
  
-Il cluster conta 4 nodi Dell R740 dedicati all’archiviazione, ognuno dei quali offre 16 HHD SAS da 16 TB e 8 SSD SATA da 1.9 TB. Ogni nodo è munito di due porte EDR InfiniBand, una delle quali è connessa allo switch InfiniBand Mellanox dedicato all’archiviazione, che garantisce una connessione a 100 Gb/s verso tutti i nodi di calcolo.\\ Un sistema di archiviazione separato da 3 PB è disponibile via Ethernet e viene utilizzato come repository in cui gli utenti possono spostare i dati da e verso i sistemi di archiviazione collegati a InfiniBand quando hanno bisogno di grandi quantità di dati nell'arco di tempo del loro job. Per quanto riguarda la rete Ethernet, ogni nodo conta 2 porte a 25 Gb/s per il collegamento verso il core switch del Data Center.+Il cluster conta 4 nodi Dell R740 dedicati all’archiviazione, ognuno dei quali offre 16 HHD SAS da 16 TB e 8 SSD SATA da 1.9 TB. Ogni nodo è munito di due porte EDR InfiniBand, una delle quali è connessa allo switch InfiniBand Mellanox dedicato all’archiviazione, che garantisce una connessione a 100 Gb/s verso tutti i nodi di calcolo.\\ Mentre i nodi citati sono dedicati alle aree home e scratch degli utenti, sarà poi disponibile un sistema di archiviazione separato da 3 PB. Esso sarà accessibile via Ethernet e potrà essere utilizzato come repository in cui gli utenti potranno spostare i dati da e verso i sistemi di archiviazione collegati a InfiniBand quando avranno bisogno di grandi quantità di dati nell'arco di tempo del loro job. Per quanto riguarda la rete Ethernet, ogni nodo è dotato di 2 porte a 25 Gb/s per il collegamento verso il core switch del Data Center.
 == Architettura del nodo di calcolo== == Architettura del nodo di calcolo==
  
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 La combinazione dei paradigmi High-Throughput Computing (HTC) e High-Performance Computing (HPC) è un aspetto importante per la rete di un cluster efficiente. \\ La combinazione dei paradigmi High-Throughput Computing (HTC) e High-Performance Computing (HPC) è un aspetto importante per la rete di un cluster efficiente. \\
-Sebbene la tecnologia InfiniBand fornisca basse latenze, non tutte le applicazioni traggono vantaggio da una rete così ad alte prestazioni poiché il loro flusso di lavoro non potrebbe essere basato su intercomunicazioni di processi intensivi. Pertanto è meglio utilizzare anche lo standard di rete Ethernet e consentire all'applicazione di utilizzare la migliore tecnologia di cui c’è bisogno. Per ottenere tale versatilità, il nostro cluster implementa una rete ibrida InfinBand-Ethernet. \\+Sebbene la tecnologia InfiniBand fornisca basse latenze, non tutte le applicazioni traggono vantaggio da una rete così ad alte prestazioni poiché il loro flusso di lavoro potrebbe non essere basato su intercomunicazione intensiva tra processi. Pertanto è meglio utilizzare anche lo standard di rete Ethernet e consentire all'applicazione di utilizzare la migliore tecnologia di cui c’è bisogno. Per ottenere tale versatilità, il nostro cluster implementa una rete ibrida InfinBand-Ethernet. \\
 È indispensabile che il traffico di rete sia garantito anche in caso di guasto di un dispositivo di rete, per questo motivo tutte le connessioni sono duplicate su due switch diversi con meccanismo di failover automatico.  È indispensabile che il traffico di rete sia garantito anche in caso di guasto di un dispositivo di rete, per questo motivo tutte le connessioni sono duplicate su due switch diversi con meccanismo di failover automatico. 
 Infine è assicurata efficienza dall'utilizzo del protocollo LAG su Ethernet, raddoppiando così la banda di trasferimento quando entrambi gli switch sono operativi. In dettaglio, la nostra infrastruttura fornisce più switch Ethernet Huawei CE-8861-4C-EI collegati con collegamenti stack da 2x100 Gb/s in una topologia ad anello. Quindi abbiamo utilizzato il protocollo Link Aggregation Group multi-chassis (mLAG) per consentire l'aggregazione delle due porte da 25 Gb/s. \\ Infine è assicurata efficienza dall'utilizzo del protocollo LAG su Ethernet, raddoppiando così la banda di trasferimento quando entrambi gli switch sono operativi. In dettaglio, la nostra infrastruttura fornisce più switch Ethernet Huawei CE-8861-4C-EI collegati con collegamenti stack da 2x100 Gb/s in una topologia ad anello. Quindi abbiamo utilizzato il protocollo Link Aggregation Group multi-chassis (mLAG) per consentire l'aggregazione delle due porte da 25 Gb/s. \\
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 Per accedere al sistema (in particolare al suo front-end o UI - User Interface) bisogna collegarsi tramite protocollo SSH all'host ibiscohpc-ui.scope.unina.it. L'accesso per ora è solo in modalità emulazione di terminale non grafico. L'account dell'UI comunque è valido per tutte le risorse del cluster. Per accedere al sistema (in particolare al suo front-end o UI - User Interface) bisogna collegarsi tramite protocollo SSH all'host ibiscohpc-ui.scope.unina.it. L'accesso per ora è solo in modalità emulazione di terminale non grafico. L'account dell'UI comunque è valido per tutte le risorse del cluster.
  
-Esempio di acesso da sistemi unix-like:+Esempio di accesso da sistemi unix-like:
  
 ''$ ssh ibiscohpc-ui.scope.unina.it -l <USERNAME>'' ''$ ssh ibiscohpc-ui.scope.unina.it -l <USERNAME>''
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 ==== Software disponibile ==== ==== Software disponibile ====
  
-=== COMPILATORI ===+L'elenco software è dinamico, aggiornato man mano che altri pacchetti sw vengono installati
  
-== INTEL : compilatori librerie == +=== utilities generali per l'uso del sistema ===  
-Per utilizzare la suite Intel di compilatori e librerie, bisogna utilizzare (interattivamente o all'interno + 
-di qualunque script in cui essi siano necessari) il comando+... 
 + 
 + 
 +=== sw generale per sviluppo (compilatorilibrerie, etc) === 
 + 
 +== Intel OneAPI (suite compilatori, librerie, etc forniti da Intel) == 
 +Per utilizzare la suite Intel di compilatori e librerie, bisogna utilizzare (interattivamente o all'interno di qualunque script in cui essi siano necessari) il comando
  
 <code>. /nfsexports/intel/oneapi/setvars.sh </code> <code>. /nfsexports/intel/oneapi/setvars.sh </code>
 +
 +== NVIDIA HPC SDK (suite compilatori, librerie, etc forniti da NVIDIA) ==
 +
 +  * //**Ver 20.10**// - disponibile nella directory '' /nfsexports/SOFTWARE/nvidia/hpc_sdk/ ''
 +
 +== OpenMPI ==
 +  * //**Ver 4.1.orc5**// - configurata per essere CUDA-AWARE, disponibile nella directory ''/usr/mpi/gcc/openmpi-4.1.0rc5/ ''
 +
 +
 +== Linguaggio Julia ==
 +
 +  * //**Ver 1.6.1**// - interprete disponibile nella directory '' /nfsexports/SOFTWARE/julia-1.6.1 ''
 +
 +== Librerie FFTW ==
 +
 +  * //**ver 3.3.10**// - compilata con i compilatori Intel disponibile nella directory '' /nfsexports/SOFTWARE/fftw-3.3.10 ''
 +
 +== Ambiente Anaconda 3 ==
 +
 +  * - disponibile nella directory '' /nfsexports/SOFTWARE/anaconda3.OK/ ''  
 +
 +=== pacchetti sw completi per specifiche applicazioni ===
 +
 +== Matlab ==
 +
 +  * //**Ver R2020b**// - disponibile nella directory '' /nfsexports/SOFTWARE/MATLAB/R2020b/bin ''
 +
 +== Quantum ESPRESSO ==
 +
 +  * //**Ver 7.0**// - disponibile nella directory '' /nfsexports/SOFTWARE/qe-7.0 ''
 +
 +== OpenFOAM ==
 +  * //**Ver 7.0**// - disponibile nella directory '' /nfsexports/SOFTWARE/OpenFOAM-7.0/ ''
 +
 +== Rheotool ==
 +  * //**Ver 5.0**// - disponibile nella stessa directory di OpenFOAM
  
  
  
wiki/guida_di_utilizzo.1647541190.txt.gz · Last modified: 2022/03/17 18:19 by phegde